وفي العام الدراسي 1958 - 1959 ألحقت كلية الصيدلة بجامعة بغداد بعد أن كانت تابعة إلى « مديرية الصحة العامة » في وزارة الداخلية ثم في وزارة الصحة . وفي العام الدراسي 1959 - 1960 وتنسيقا مع الدرجات العلمية التي تمنحها جامعة بغداد أصبحت الشهادة التي تمنح لخريجي الكلية « شهادة بكالوريوس علوم في الصيدلة » . وفي عام 1972 - 1973 استحدثت الدراسات العليا في الكلية لدراسة الماجستير في أربعة مجالات علمية وهي الكيمياء الصيدلانية والعقاقير والسموم والصيدلانيات . وفي عام 1975 - 1976 استحدثت دراسة الدكتوراه في الكيمياء الصيدلانية . وفي عام 1979 - 1980 قامت اللجنة العلمية للجامعات بإقرار المناهج الجديدة للكلية وفق توجيهات الدولة بما ينسجم والتقدم الحضاري وابتدأت الكلية باعتماد النظام الفصلي والسير قدر المستطاع بتعريب العلوم . وفي عام 1981 - 1982 قامت الجامعة ، بتوصية من الكلية بتنقيح المناهج الدراسية ، وبموجبها حددت الوحدات الدراسية والمواضيع الدراسية للفصل الدراسي الواحد ، وأضيفت مواد دراسية جديدة مثل صيدلة المشافي والصيدلة السريرية . وفي عام 1984 استحدث فرع التحاليل المرضية ، وبذلك أصبح عدد الفروع العلمية في الكلية خمسة فروع هي : الكيمياء الصيدلية ، الصيدلانيات ، العقاقير والنباتات الطبية ، مفردات الطب ( الفارماكولوجي ) والسموم ، والتحاليل المرضية .